华大FFPE V1.1数据新鲜出炉！快来尝鲜！

前言

FFPE样本因保存便捷、组织形态完整，广泛应用于临床病理诊断与回顾性研究。然而，传统技术受限于RNA降解、探针捕获效率等问题，难以实现高分辨率时空组学分析。

华大时空首版FFPE产品方案，突破性地解决了FFPE样本中全转录组的原位捕获难题，实现了空间单细胞分析、检测编码和非编码RNA、实现微生物与宿主共检测、同张切片进行HE染色或核染色、无物种限制等问题。此次升级的时空转录组 FFPE V1.1产品方案，在保持以上功能的基础上，实现了性能的显著提升。

新产品9月发布后，我们很快便进行了内测，结果令人欣喜！我们一起来看看吧！

1 更高的基因数，

获得更高质量的数据

内测样本类型我们选取了消化道组织，使用华大时空转录组FFPE V1.1中1 cm*1 cm芯片。结果显示，在3,128,826,241个Reads的测序深度下，Bin 20 （约10μm，近似单个细胞直径）平均MID为461，平均基因数达到了381，检测到的基因总数为34,615。并且，聚类分群的结果，十分符合病理区域，也能够说明获得的转录本数据非常可信！由此可以看出，升级后的每个细胞内检测出了更多高质量转录本数据，为各种应用场景下的科学研究提供了无限可能。

消化道样本华大时空转录组FFPE V1.1基础数据展示

消化道样本华大时空转录组FFPE V1.1聚类分群展示

2 CellBin分析，

精准解析组织基因表达空间特征

在华大自主研发的基于Stereo-seq系列的CellBin一站式细胞分割结果中我们看到，在CellBin水平能够捕获到的更多的空间转录组信息，单个细胞平均 MID数为516，平均基因值可以达到408。

CellBin基于华大时空芯片底层设计，利用track线实现1μm内配准精度，将细胞影像图和表达矩阵对齐；利用影像学特征完成高精度的组织分割、细胞核分割以及细胞内分子归类，刻画出单个细胞的分子边界；映射到芯片内，提取分子信息，获得精准的单细胞表达矩阵。

消化道样本华大时空转录组FFPE V1.1 CellBin基础数据展示

消化道样本华大时空转录组FFPE V1.1 CellBin聚类分群展示

临床科研新利器全面升级！

1. 基因捕获效率提升50%~200%-破解FFPE样本“沉默黑匣”

传统技术对FFPE样本的RNA捕获效率较低，时空转录组FFPE V1.1通过优化探针设计及生化反应效率等方法，在保持编码&非编码RNA捕获，微生物捕获等性能的基础上，基因捕获效率相比上一版本提升50%-200%。

2. 组织内外信号扩散优化-空间定位精度达纳米级

针对FFPE样本中RNA扩散导致的空间定位失真问题，时空转录组FFPE V1.1通过芯片探针和实验流程的优化，实现了高精度的空间定位。

3.数据利用率提升100%-高性价比实现全景式数据支持

时空转录组FFPEV1.1通过探针设计优化，新的测序建库流程与生信分析工具开发等方法将有效数据利用率提升了100%，显著降低无效测序损耗（如无效CID序列、rRNA序列等），实现科研级数据的高性价比获取，为复杂疾病机制研究提供全景式数据支持。

4. 多类型样本混测兼容-FF与FFPE样本“一机双测”

时空转录组FFPE V1.1首次支持新鲜冷冻(FF)样本与福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本同批次测序。通过优化建库试剂盒与建库方案，研究人员可在单张T7测序芯片上同步检测FF与FFPE来源的时空文库，极大提升了实验灵活性与测序效率，不再为“凑样”上机烦恼。