国自然申请书中的科学假设

01 科学假说的提出

02科学假设的结构

C分子→D通路→F功能→X疾病

1.筛选分子（相关性研究）：C→X

     组织水平：肿瘤组织样本富集基因及其代谢途径＆功能

     临床水平：基因表达水平与各种临床指标（恶性程度，转移与否，耐药性，生存率等）的相关性

2. 寻找机制（机制研究）：C→D

     分子水平：相互结合，表达调控，翻译后修饰前，降解调控，剪切调控，胞内定位，激酶信号传导等

3. 证实功能（功能研究）：C→F

      细胞水平：生长，凋亡，转移，侵润，血管新生，耐药

      动物水平：成瘤，转移，药物敏感

（二）结构的扩展

A分子→B分子→C分子→D通路→F功能→X疾病

A分子：上游主角

C分子：下游主角

一般更倾向于研究“坏”的主角分子在疾病中上调，“坏”分子上调导致疾病发生，这样的分子也更容易被用于生物标志物；少数情况下会关注会研究“好”分子，也就是在疾病中表达下调的分子，一些干预手段使“好”分子上调，从而改善疾病。

B分子：工具分子

1. 通过RNA pull-down鉴定与RNA结合的工具蛋白（如翻译因子和剪接因子）；

2. 通过RIP-seq来寻找与蛋白结合的RNA；

3. 通过ChIP-seq确定功能蛋白结合的DNA序列（如靶基因）。

（三）单细胞测序背景下的结构创新

C基因→D通路→E细胞亚型→F功能→X疾病

Nat Immunol. 2022 Oct. doi: 10.1038/s41590-022-01312-0

Single-cell profiling identifies mechanisms of inflammatory heterogeneity in chronic rhinosinusitis.（Alox15+巨噬细胞通过分泌趋化因子招募嗜酸性粒细胞、单核细胞和TH2细胞等，在eCRSwNP发生发展过程中发挥重要作用，使用ALOX15抑制剂可有效缓解eCRSwNP中2型免疫反应过度激活引起的病理损伤）。

03 科学假说的深度

1、线性结构

A→B→C→D

2、环形结构

常见的有负反馈调控通路，如果一个生化反应产生了A，产生的A能够抑制A的产生，那么这种反馈调节就是负反馈调控。比较经典的例如miRNA的调控：