伯豪生信云系统自2023年11月上线以来，已经上架79个生信小工具。其中单细胞多组学专项工具21个，囊括Marker基因可视化，细胞占比分析，差异分析，功能富集，基因集打分等多种分析方法。下面我们精选用户使用次数最多的10个实用单细胞多组学小工具，进行详细的功能介绍！

伯豪生信云网址：http://tools.shbio.com/home/index.html

 

1. 单细胞核RNA测序项目经验查询

冰冻样本做单细胞核RNA测序（snRNA-seq）能够检测到多少细胞和基因？能不能注释到关注的细胞类群，目标细胞群细胞占比怎么样？单细胞核RNA测序项目经验查询，一键告诉您全部答案，解除您的后顾之忧！

 

2. Marker基因气泡图
想要展示marker基因在不同cluster中表达特异性？更想快速根据marker基因的表达进行人工细胞注释？Marker基因气泡图很好使！Marker基因气泡图用于展示多个marker基因在不同cluster或不同细胞类群中的表达情况。

 

3. 基因tSNE/UMAP图

选择感兴趣的基因，在tSNE或者UMAP坐标下，展示其在单细胞中所有亚群的表达情况。颜色越深说明该基因表达量越高。适用于展示每个细胞类群的marker基因表达特异性。

4. 细胞占比分析_堆叠柱形图

细胞占比分析，通过堆叠柱形图展示多样本中每个cluster或者每种细胞类群中的细胞数和细胞比例。

 

5. cluster差异基因火山图

cluster差异基因火山图酷炫展示每个cluster中显著差异上调和差异下调的基因。快速了解不同细胞类群的基因差异表达情况。

6. KEGG富集分析

KEGG功能富集分析用于探究关注的基因集合（如差异表达基因、cluster特异表达基因）的通路富集情况。该工具进行富集分析并输出富集分析结果表、富集气泡图和柱形图。

 

7. signature基因集表达热图

探究关注的基因集合（如缺氧，自噬，铁死亡等相关基因集合）在不同细胞群中的表达情况，对特定基因集中的基因表达量进行可视化。

8. 基因集打分的tSNE/UMAP图

识别关注的单个基因集或多个基因集（如缺氧，自噬，铁死亡等相关基因集合）在细胞中富集的情况，该工具根据多个基因集中对应基因表达量对每个细胞进行打分（采用GSVA包中的ssgsea打分算法），展示多个功能在细胞中的富集情况。

9. Marker基因切片图

Marker基因切片图用于展示关注的目标基因（一个或多个基因）在空转组织切片中的表达情况，探究目标基因的表达及空间位置信息。

10. 基因集打分切片图

展示目标基因集（如缺氧相关基因，铁死亡相关基因）或相关通路中的基因在组织切片中富集的情况，探究目标基因集或相关通路在组织中的哪些区域被显著激活。