FFPE处理是目前长期保存病理样本的标准化方法，保存了大量的临床上患病和正常组织的样本资源，该样本代表了珍贵且来源广泛的生物医学研究材料，据统计世界上大约有数十亿份组织样本保存在医院或者组织样本库中，其中绝大多数是FFPE样本。但是由于FFPE样本通常珍贵且保存时间长，存在RNA/DNA量少和高度降解的问题，因此如何获得FFPE样本所蕴藏的生物信息，如何利用分子生物学方法对FFPE 样本进行检测，进而针对FFPE样本进行高通量组学分析就变得越来越重要。伯豪生物推出了FFPE样本多组学一站式解决方案。
 

一、单细胞转录组测序解决方案
 

伯豪生物FFPE样本单细胞转录组测序解决方案，使用伯豪自主研发的伯优^®FFPE样本细胞核分离试剂盒，分离高质量的细胞核，并基于10X Genomics Single Cell Gene Expression Flex技术进行细胞核捕获，获取FFPE样本中的单细胞转录组信息。

产品优势

· 提升低表达基因检测灵敏度

Flex运用了探针捕获原理，大部分的基因设计3组探针对，对部分低表达的基因，设计5组探针对，保障了FFPE样本中降解RNA的捕获效率，同时能够提升低丰度基因检测的灵敏度。

· 百万级细胞通量

样本特异性探针高达16种，单通道最高可实现16种样本128,000个细胞的同时捕获，8通道最高可实现百万级细胞同时运行分析，大大降低实验成本。

· 降低批次效应

样本集中处理，实现同批次进行捕获建库实验，降低实验的批次效应。

质控数据

样本	细胞数	中位基因
Sample1	9865	1243
Sample2	25231	1414

 

二、空间转录组测序解决方案

伯豪生物FFPE样本空间转录组测序解决方案基于Visium CytAssist—空间多组学组织分析物转移系统，可以直接将 FFPE 组织切片上的探针捕获的转录组信息从普通载玻片转移到 Visium 建库芯片上，实现组织切片的空间组学分析。该方案解决了原有手动操作步骤较多带来的效率低下的问题，简化样本管理，高效实现对于FFPE样本的基因表达检测，在形态学背景下进行分子信息的抓取。

产品优势

· 样本兼容性高

FFPE空间转录组实验不再局限于石蜡块，预贴片、预H&E染色的组织切片都可以通过Visium CytAssist系统将分析物从载玻片转移到Visium玻片的捕获区域。

· 捕获面积大

Visium CytAssist能够同时兼容6.5mm*6.5mm和11mm*11mm样本。

· 质控要求低

Visium CytAssist对样本的DV200要求仅为30%，允许检测更多长期保存的高度降解的样本。

· 基因检出率高

Visium CytAssist使用10x Genomics全新设计的捕获探针，除少部分高表达基因外，90%以上基因设计了3个探针对，基因检出率及特异性更高。

质控数据

 

三、全转录组测序服务

转录组是特定物种、组织或细胞在特定生理状态下转录的所有 RNA 的集合，包括 mRNA 和 ncRNA, 其中 lncRNA（long non-coding RNA）是一类长度超过 200nt 的 ncRNA，通过多种方式在表观遗传、转录及转录后水平发挥调控作用。全转录组测序在研究 mRNA 的同时，能够发现大量的 lncRNA，并对其表达水平和转录本结构进行分析。当进一步开展 lncRNA 与 mRNA 的关联分析时，就可以深入研究 lncRNA 的调控网络。

产品优势

· 丰富的建库经验

对FFPE样本进行RNA抽提质检，起始量只要大于50ng，DV200>50%。

· 学术界权威的算法和流程

针对 mRNA、lncRNA 和 circRNA 的全面分析，灵活的定制分析。

· 严格的质控管理

ISO9001 认证，Illumina CSPro 认证。

质控数据

取3个不同降解程度的FFPE-RNA样本(DV200在11%-80%之间)，使用本试剂盒制备文库，然后进行NGS分析。

不同的FFPE-RNA的品质和起始量，均有较高的转录本检测数(当FPKM>1时，转录本数均大于10,000)。

四、Illumina 人甲基化芯片（935K）检测服务

Illumina EPICv2.0-935K 芯片可检测人全基因组约 935,000 个 CpG 位点的甲基化状态，在 850K 的基础上去除了性能不佳的探针，新增 186,000 个 CpG 靶向增强子和超级增强子、更多 CTCF 结合位点、CNV 检测区域、EPIC v1.0 覆盖不足的 CpG 岛以及常见癌症驱动突变，还增加了经 ATAC-Seq 和 ChIP-Seq 实验鉴定的与肿瘤有关的染色质开放区域。此外，基因组版本更新到 hg38 以及 GenCode 数据库 v41 版本，是更适合用于表观基因组全关联分析研究（EWAS）的一款芯片。

产品优势

· 全面的基因组覆盖范围

检测> 935,000个CpG 位点，全面覆盖CpG岛、启动子、编码区及增强子。

· 探针位点的全面优化

在EPICv1.0-850K的基础上去除了性能不佳的探针，新增186,000个CpG靶向增强子和超级增强子、更多CTCF结合位点、CNV 检测区域、EPIC v1.0 覆盖不足的 CpG 岛以及常见癌症驱动突变。

· 高质量的数据

沿用了450k芯片的 Infinium 技术，同时采用 Infinium I 及 II 探针设计，使检测范围最大化。

· 分辨率高

单碱基分辨率，可以直接检测到发生甲基化的准确位点。

· 可重复性高

自身技术重复间的相关性以及与 850K 相同探针间的相关性 R2 > 0.99。

· 注释信息

人基因组版本更新到了 HG38，GenCode 数据库更新到了 v41 版本。

质控数据

935K甲基化芯片检测能够检测到0.2的beta值差异，假阳性率低于1%，从而实现了较高的分析灵敏度，同时也具有极好的数据可重现性。如下图（A）935K芯片技术重复相关性R2>0.99（B）935K芯片和850K的交集探针间的相关性R2>0.99。（C）935K芯片数据与甲基化测序（100×测序深度）的相关性R2>96%。

 

五、全外显子组测序服务

全外显子组测序是指利用探针杂交序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕获并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。全外显子组测序的成本相对于全基因组测序更低，在SNV、InDel检测方面具有较大优势。伯豪生物全外显子定制Panel使用新型双链RNA探针（120-mer），可广泛应用于寻找复杂疾病中相关的致病基因研究，以及疾病预防健康管理领域。

产品优势

1) 伯豪样本中心具有十年特殊样本处理经验，针对 FFPE、特殊肿瘤等样品有丰富经验；

2) 具有丰富的遗传病和肿瘤队列研究经验，合作客户在Blood、Nature发表高分文章；

3) 专业报告解读系统，对临床应用支持良好。

质控数据

· 外显子区域平均测序深度（mean depth in target region）100X以上。

· 在100X覆盖度的情况下，至少90%的外显子区域有10个或以上序列覆盖。

· 平均捕获率（ontarget ratio）60%以上。

五、