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热门论文最新CP-【单细胞测序】+【转录组测序】
人阅读 发布时间：2020-03-04 16:18
2013 年的 nature methods 杂志将单细胞测序技术评为了年度最值得关注的技术之一。同年，science 杂志也将单细胞测序技术列为年度最值得关注的六大领域榜首。10X genomics 和 BD rhapsodoy 的出现更是将其推向了顶峰。在大家都在追逐单细胞测序技术，将单细胞应用到自己的研究项目中的今天，bulk RNA sequence（常规转录组测序）是否已经被大众所抛弃？答案是否定的。回顾下近年来的单细胞研究论文，不难发现单细胞转录组和 bulk RNA sequence 总是“结伴出现”，算是称得上是各大论文 methods 部分的 CP（伴侣）了。今天我们就简单举例看看各位大牛是如何在论文中运用这两个技术的。单细胞测序联合转录组测序，他们两者的结合有什么优势呢？
1、常规转录组测序可以帮助获得样本的基本转录组信息，可以作为单细胞测序的预实验；
来自北大张泽民课题组在 2017 年发表在 cell 上关于单细胞测序分析肝癌 T 淋巴细胞浸润，以及 2019 年发表在 cell 上关于肝癌的单一免疫细胞的动态景观图的研究中，除了运用 Smart-seq2 和 10X genomeics 技术进行单细胞测序之外,还运用的 bulk RNA-seq 技术检测了肝癌组织正整体的转录水平，以及初步评估样本中细胞的类别。
伯豪生物单细胞测序服务经过 6 年的积累，基于 SMART-seq，10X genomics 和 BD Rhapsodyde 的单细胞 RNA 测序服务平台，为客户提供从样本保存、运输、单细胞悬浮液制备，到单细胞分选、建库、和数据分析的一站式解决方案，目前已为来源于人、小鼠、大鼠、果蝇、斑马鱼、牛、羊等物种的样本提供了单细胞测序和数据分析服务，研究成果发表在 Cell Research、Nature Neuroscience 等杂志上。最新推出的“单细胞测序送转录组测序”活动，一份价格，两种服务，更好结果。
活动说明：
1. 活动中单细胞测序（scRNA-seq）指的是基于 BD 或 10X 平台的单细胞 RNA 测序，转录组测序指的是常规 mRNA 测序（bulk RNA-seq)；
2. 单细胞测序项目满 6 个样本起送同样样本数转录组测序，即单细胞测序 6 个样本送 6 个常规 mRNA 测序，依此类推；
3. 活动期限内签订单细胞测序服务合同，且预付 80% 到款后，享受转录组测序免费服务；
4. 参与活动项目常规 mRNA 测序数据量≤6G/ 样本。
5. 本活动不与伯豪生物其他优惠活动共享。
参考文献：
1、常规转录组测序可以帮助获得样本的基本转录组信息，可以作为单细胞测序的预实验；
来自北大张泽民课题组在 2017 年发表在 cell 上关于单细胞测序分析肝癌 T 淋巴细胞浸润，以及 2019 年发表在 cell 上关于肝癌的单一免疫细胞的动态景观图的研究中，除了运用 Smart-seq2 和 10X genomeics 技术进行单细胞测序之外,还运用的 bulk RNA-seq 技术检测了肝癌组织正整体的转录水平，以及初步评估样本中细胞的类别。
2、两种测序结果相互印证；
来自 Charmaine 团队在 2018 年发表在 cell stem cell 上的关于 IPSC 诱导多能干细胞分化的神经元的单细胞测序的研究中，作者同时从 PD 病人中分离 IPSC 并诱导分化成多巴胺神经元，和从正常人中分离 IPSC 并诱导分化成多巴胺神经元。对分化的神经元同时进行了 Smart-seq 的单细胞测序，以及 bulk RNA-seq 。结果发现，bulk RNA-seq 也可以清楚的发现，PD 病人和正常人的 IPSC 诱导得到的多巴胺神经元在整体转录水平上存在差异，且这些差异主要集中在与神经元发育和突出活动相关的功能上。
3、bulk RNA 测序可以突出单细胞测序的优势。
来自 li 团队与 2017 年发表在 nature genetics 上的关于结直肠癌组织和正常粘膜组织的单细胞测序研究中，作者展示了单细胞测序和 bulk RNA 测序在筛选差异基因方面的区别。研究发现，通过常规转组测序无法得到的差异基因，而通过单细胞测序可以发现这些基因在癌组织和正常组织的特定的细胞类群中是存在显著差异的。比如（下图），与EMT（上皮间质转化）相关的基因只在成纤维细胞这个类群中存在差异。
伯豪生物单细胞测序服务经过 6 年的积累，基于 SMART-seq，10X genomics 和 BD Rhapsodyde 的单细胞 RNA 测序服务平台，为客户提供从样本保存、运输、单细胞悬浮液制备，到单细胞分选、建库、和数据分析的一站式解决方案，目前已为来源于人、小鼠、大鼠、果蝇、斑马鱼、牛、羊等物种的样本提供了单细胞测序和数据分析服务，研究成果发表在 Cell Research、Nature Neuroscience 等杂志上。最新推出的“单细胞测序送转录组测序”活动，一份价格，两种服务，更好结果。
活动说明：
1. 活动中单细胞测序（scRNA-seq）指的是基于 BD 或 10X 平台的单细胞 RNA 测序，转录组测序指的是常规 mRNA 测序（bulk RNA-seq)；
2. 单细胞测序项目满 6 个样本起送同样样本数转录组测序，即单细胞测序 6 个样本送 6 个常规 mRNA 测序，依此类推；
3. 活动期限内签订单细胞测序服务合同，且预付 80% 到款后，享受转录组测序免费服务；
4. 参与活动项目常规 mRNA 测序数据量≤6G/ 样本。
5. 本活动不与伯豪生物其他优惠活动共享。
参考文献：
[1] Zheng, Chunhong, et al. "Landscape of infiltrating T cells in liver cancer revealed by single-cell sequencing." Cell 169.7 (2017): 1342-1356.
[1] Zhang Q, He Y, Luo N, et al. Landscape and dynamics of single immune cells in hepatocellular carcinoma[J]. Cell, 2019, 179(4): 829-845. e20.
[2] Lang, Charmaine, et al. "Single-cell sequencing of iPSC-dopamine neurons reconstructs disease progression and identifies HDAC4 as a regulator of parkinson cell phenotypes." Cell stem cell 24.1 (2019): 93-106.）
[3] Li, Huipeng, et al. "Reference component analysis of single-cell transcriptomes elucidates cellular heterogeneity in human colorectal tumors." Nature genetics 49.5 (2017): 708.）
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